Metroid Prime tiene una extensa historia, que ha servido para diferenciarse de sus predecesores en la saga. Tras cada batalla importante se muestran pequeñas escenas cinemáticas que avanzan en el desarrollo de la historia, así como durante el juego, se puede usar el visor de escaneo para leer textos relacionados con la historia pasada de los Chozo y los piratas espaciales, dando cierta profundidad al argumento.
El juego comienza cuando Samus recibe una llamada de socorro procedente de la Fragata Orpheon, propiedad de los piratas espaciales, cuya tripulación ha sido masacrada por las propios sujetos experimentales que estudiaban. Cuando llega al corazón de la nave, Samus combate contra la Reina Parásito, una versión gigante y mutada de un pequeño parásito. Tras derrotarla, la Reina Parásito cae dentro del núcleo del reactor de la nave, comenzando así la destrucción en cadena de esta. Cuando Samus intenta escapar de la fragata, una subida de tensión destruye todas las mejoras de su traje y se encuentra con Ridley, en una versión cibernética de sí mismo llamada Meta-Ridley. Samus ve cómo se dirige al planeta Tallon IV y decide perseguirlo en su nave.
La protagonista aterriza en la superficie de Tallon IV, en un área boscosa. Allí descubre las ruinas Chozo, los restos que quedan de una civilización que fue destruida por el impacto del meteorito que contenía la sustancia corruptora Phazon y una criatura conocida como "el Gusano". Después de conseguir el lanzamisiles, Samus entra en el templo Chozo y descubre que el acceso al cráter de impacto del meteorito está sellado, y que los piratas espaciales están intentando acceder a él. El campo de contención funciona con doce artefactos Chozo, que deben encontrarse para abrir el camino al cráter.
Tras acabar con el jefe de las ruinas Chozo, una planta con aspecto de mantis llamada Flaaghra, Samus obtiene el traje climático [Varia Suit], que le permite entrar en las cavernas Magmoor. Estas cavernas son usadas por los piratas espaciales como fuente de energía geotérmica, y conectan entre sí todas las regiones del juego. Tras ello, Samus llega a Phendrana Drifts, una región helada y montañosa en la que se encuentran unas antiguas ruinas Chozo, un laboratorio de los piratas espaciales y diversas cavernas y valles helados. Tras obtener el traje de gravedad [Gravity Suit] en esta región, Samus debe explorar la estrellada fragata Orpheon e infiltrarse en las minas de Phazon, que es el complejo de investigación de los piratas espaciales en Tallon IV. Aquí es donde accidentalmente el traje gravitatorio se transforma en el Traje De Phazon [Phazon Suit]tras caerse el Pirata Omega sobre Samus al ser vencido por ella.
Durante su búsqueda, Samus encontrará los doce artefactos que abren el templo, además de conocer en profundidad la historia de los Chozo y de la colonización del planeta por los piratas espaciales. Una vez encontrado y colocado el último artefacto, Meta-Ridley aparece de nuevo y ataca a Samus. Con la ayuda de los artefactos y el traje de phazon, consigue acabar con él, despejando el camino de entrada al cráter. Allí se encuentra una bestia mutante llamada Metroid Prime. Al derrotarle, Samus pierde su traje de Phazon, y escapa en su nave del derrumbamiento del cráter de impacto. Cuando acaban los créditos del juego, el Metroid Prime usa el traje de phazon para volver a regenerarse, convirtiéndose así en la entidad conocida como Dark Samus.
La trilogía Prime está situada cronológicamente entre Metroid y Metroid II, pero algunas fuentes, como la adaptación al cómic de Metroid Prime de Nintendo Power sitúan el juego tras Super Metroid. Se basan en que el meteorito de Phazon es un trozo del planeta Zebes, destruido en Super Metroid. Sin embargo, esta teoría contradice la historia de Metroid Prime 3: Corruption, que asegura que el phazon es originario del planeta llamado Phaaze. |
